El NEIES cuenta con un Grupo de Trabajo integrado por representantes del MERCOSUR, que funciona bajo la dependencia de la Comisión de Área de Educación Superior del MERCOSUR y cuya misión es proponer lineamientos estratégicos, acciones y realizar un seguimiento de las actividades del NEIES.

La coordinación del NEIES se encuentra actualmente a cargo de Argentina y se ejerce a través de la Secretaría de Políticas Universitarias (SPU), con el apoyo de la Universidad Nacional de Córdoba, que lleva adelante la Unidad de Asesoramiento Técnico y Gestión Operativa.

El NEIES cuenta también con un Consejo Editorial integrado por académicos de reconocida trayectoria del MERCOSUR, designados por los países para el desarrollo de la Revista Integración y Conocimiento.